Fjäderholmarna har en lång restauranghistoria. I slutet av 1600-talet fanns ”Fjäderholms krog” som låg på Stora Fjäderholmen. Under 1860-talet var 30 personer bosatta på Fjäderholmarna och på slutet av 1800-talet byggdes ett utsiktstorn som senare byggdes om till Restaurang Bellevue som hade plats för 550 gäster. Under 1870-talet huserade ”brännvinskungen” L O Smith på ön och stockholmarna vallfärdade ut till öarna för att köpa sin sprit. Röda Villan byggdes 1897 som privatbostad och var ursprungligen grönmålad (!). Huset har genom åren varit privatbostad åt familjer som har jobbat på ön. Som mest bodde tre familjer samtidigt i huset. Mellan 1918 och 1976 tillhörde Fjäderholmarna  Marinen och under denna period var det landstigningsförbud på öarna.

Fjäderholmarna hör sedan 1982 till Kungliga Djurgårdens Förvaltning och är idag ett av de populäraste utflyktsmålen i Stockholms närhet och ingår i Nationalstadsparken.